重案组高级督察陈国忠（任达华饰）在护送证人途中，遭到死对头王宝（洪金宝饰）袭击，证人一家几乎灭口，而后陈国忠得了癌症，他收养证人幼女海儿，欲将其扶养长大，誓言将让王宝绳之以法。为了达成目的，陈国忠甚至违背警察的原则，只为不择手段送王宝入狱。
陈国忠手下第一接班人高级督察马军（甄子丹饰）是一名武术高手，他在一次任务执行中赤手空拳将歹徒打成白痴后，虽然嫉恶如仇，但是不以非法手段对付敌人。
马军加入重案组后，一名卧底探员离奇被杀，陈国忠认定为王宝所为，派人将其拘捕，然而各项证据皆显示非其所做。为了让其入狱，陈国忠甚至与手下意图栽赃罪名给王宝，马军在知悉队员的越界行动后，只得妥协加入。
陈国忠的忠心队员阿乐（张智尧饰）、阿琛（夏韶声饰）、华哥（廖启智饰）分别先后遭到王宝手下杀手阿积（吴京饰）所杀，原来阿乐等人为助陈国忠养大证人的女儿，私吞王宝贩毒的赃款，而后遭到王宝派人报复，陈国忠答应王宝主动归还，欲突袭失败而遭拘禁。马军在目睹弟兄遭到杀害后，拿了真正的赃款打算与王宝决一死战。
前往王宝地盘途中，马军先与杀手阿积决斗，在杀死阿积后，再与王宝过招。香港版中，在最后关头马军遭王宝推出大厦，坠楼毙命。当王宝以为自己获胜之际，才发现马军坠楼同时，压死了自己的妻子和初生孩子。中国大陆版与香港版不同，马军将王宝打倒后，王宝死了，马军并没有死[1]。
之后，陈国忠带着海儿来到海滩，当海儿在沙滩上玩耍时，陈国忠癌症发作，便去世了。